Қазақстанның заманауи дамуы ғылымсыз, инновациялық технологияларсыз, өндірісте, білім беруде ғылыми жетістіктерді енгізу мүмкін емес. Ғылым және білім беру Қазақстан қоғамының экономика серпінділігі және саяси тұрақтылығының қамтамасыз етілуінде маңызды рөл атқарады.
А.Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университетінің ғалымдары және қызметкерлерінің ғылыми зерттеу жұмысы 2009-2015ж. ғылымның дамуы Кешендік жоспары және ҒЗЖ жылдық жоспарлары негізінде университеттің даму Стратегиясына сәйкес жүзеге асырылады.
Осыған байланысты ғылыми-зерттеу жұмысы саласында ҚМУ ұжымының басты мақсаты білім беру қызметін ғылыми зерттеулерді өткізуімен, аймақтың дамуын басты бағыттар бойынша құрылымдаулық және технологиялық өңдеулерді және олардың практикалық іске асыруымен байланыстыратын университеттің жаңа буынын қалыптастыру.
Қойылған мақсаттарға жету үшін ғылымның және өндірістің бірігу саласында нақты міндеттер қойылған: университеттің ғылыми жұмысының сапасын көтеру, қолтанбалы ғылыми зерттеулерін өткізуге университеттің қызметін бейімдеу, өндіріс талаптарына сәйкес жоғары оқу орнынан кейінгі дайындық процесін қалыптастыру.
Университет ұжымы алға қойған мақсаттарын орындауға ғылыми қызметінің позитивті жетістіктерін одан ары қалыптастыруға, университет мәртебесін көтеругее үлкен жұмыс атқарды.
Университеттің ғылыми-зерттеу қызметінің үйлесімділігін ғылыми жұмыс және сыртқы байланыстар жөніндегі проректоры, ғылыми және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру басқармасы, халықаралық байланыстар бөлімі жүзеге асырады.
А. Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университетінің ғылыми-зерттеу жұмысы ауылшаруашылық экономика, егін шаруашылығы, агрономия және топырақ зерттеу, өсімдіктерді қорғау, микробиология, ветеринария және малшаруашылығы, өсімдіктер және малдар биотехнологиясы, ауылшаруашылық механизация және электрлендіру, IT-технологиялар және де гуманитарлық бағыттар саласында өткізіледі.
Университетте мемлекеттік және бюджеттен тыс есептен орындалатын іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулер жүргізіледі.
Университеттің ғылыми-зерттеу қызметінің бастапқылығына, ғылыми жұмыстарының нәтижесін көтеруге, білім беру және тәрбие мақсаттарын ғылымға әсерін күшейтуге жету үшін, экономикалық зерттеу орталығы ( ЭЗО), Инновациялық ғылыми білім беру орталығы (ИҒББО) құрылған. Ғылыми орталықтарды ұйымдастыру экономика, ауылшаруашылық, биологиялық және ветеринария ғылымдары бойынша, ғалымдар және оқытушылар, студенттер және университет магистранттарына ғылыми зерттеулерді жүргізуге мүмкіндік береді.