Костанайский государственный университет имени Ахмета Байтурсынова сегодня является не только ведущим учебным заведением Северного Казахстана, но и научным и культурным центром региона.  Университет обеспечивает высокое качество и широкий спектр образовательных услуг, внедряя новые технологии обучения и расширяя базу научных исследований.

Немалая роль в реализации этих вопросов отводится структурным подразделениям университета, организующим и координирующим  основные процессы деятельности вуза – учебно-воспитательный и научный процессы.  Это департамент по воспитательной работе и связям с общественностью, департамент по академическим вопросам, управление менеджмента и мониторинга образования, управление науки и послевузовского образования, управление организационной и правовой работы, управление социального и инфраструктурного обеспечения, отдел международных связей.

Данные структурные подразделения возглавляют квалифицированные специалисты – кандидаты наук, доценты. В структуре департаментов и управлений функционируют соответствующие отделы.