Костанайский государственный университет реализует международные соглашения со следующими учреждениями

Российская Федерация:

Башкирский государственный университет, г.Уфа 

ФГАОУ ВО «Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет  информационных технологий, механики, оптики» 

ФГБОУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный аграрный университет» 

Институт проблем управления имени Трапезникова РАН, Москва 

Институт экологии растений и животных Уральского отделения РАН РФ, г. Екатеринбург

Кемеровский государственный университет

Курганская Государственная сельскохозяйственная академия имени Т.С.Мальцева 

Магнитогорский государственный технический университет им. Г.И.Носова, г. Магнитогорск 

Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии им. К.И.Скрябина, г.Москва

Национальный исследовательский Университет «Высшая школа экономики», г.Москва

Омский государственный аграрный университет им. П.А.Столыпина, г.Омск 

ФГБОУ ВПО «Кубанский государственный аграрный университет» 

ФГБОУ ВПО «Новосибирский государственный аграрный университет»

ФГБОУ ВПО «Башкирский государственный аграрный университет» 

Омский государственный университет им. Ф.М.Достоевского, г. Омск

ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт защиты растений», г. Санкт-Петербург  

Оренбургский государственный аграрный университет, г.Оренбург

ФГБОУ ВПО «Московский государственный технический университет имени Н.Э.Баумана»

Санкт-Петербургская государственная академия ветеринарной медицины, г.Санкт-Петербург 

Саратовский государственный университет им.Н.Г.Чернышевского

Сибирская государственная автомобильно-дорожная академия, г. Омск

ФГБОУ ВПО «Магнитогорский государственный технический университет имени Носова Г.И.»

ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт племенного дела»

ФГБОУ ВО Уральский Государственный экономический университет

Национальный исследовательский университет «Московский институт электронной техники»

ФГБУН Ботанический Сад УрО РАН, г. Екатеринбург

ФГБОУ ВПО «Кемеровский технологический институт пищевой промышленности»

ФГБОУ ВО «Самарская государственная сельскохозяйственная академия»

ФГБОУ ВПО «Тольяттинский государственный университет»

ФГБОУ ВО «Национальный исследовательский Мордовский государственный университет им. Н. П. Огарева», г. Саранск

ФГБОУ ВО «Южно-Уральский государственный аграрный университет»

ФГБОУ ВО «Ставропольский государственный аграрный университет»

ФГБОУ ВПО «Челябинский государственный университет»

ФГБОУ ВО «Владимирский государственный университет имени Александра Григорьевича и Николая Григорьевича Столетовых»

ФГБОУ ВО «Калининградский государственный технический университет»

ФГБОУ ВО «Казанская государственная академия ветеринарной медицины имени Н.Э.Баумана»

Республика Беларусь:

Белорусский национальный технический университет, г.Минск

Белорусский государственный аграрный технический университет, Минск

Белорусский государственный университет,г.Минск

ГНУ «Институт генетики и цитологии» НАН Беларуси

УО Гомельский государственный технический университет имени П.О. Сухого, г. Гомель

УО «Могилевский государственный университет продовольствия»

Институт мясо-молочной промышленности

Болгария:

Софийский университет им. Св.Климентия Охридского, Болгария

Германия:

Союз ЛОГО (Сельское Хозяйство и Экологическое Равновесие с Восточной Европой)

Соглашение о сотрудничестве и об обмене студентами с университетом Карла фон Осецкого, Ольденбург

Франция:

Университет Бургундии, г. Дижон

AgroSup Дижон, Национальный высший институт агрономических наук, продуктов питания и окружающей среды, Дижон

Италия:

Университет Пизы

Университет Падуя

Университет Турина

Польша:

Институт защиты растений, г.Белосток 

Венгрия:

КГУ